Kraniosakrální systém člověka je tvořen membránami a mozkomíšním mokem, které obklopují a chrání mozek a míchu. Tyto struktury jsou uloženy v lebce (lat. cranium) na straně jedné, dále prochází páteří až do kosti křížové (lat. os sacrum) na straně druhé. Jakákoli omezení v pohybu membrán tohoto vitálního systému mohou přímo ovlivňovat výkon centrálního nervového systému .

Kraniosakrální terapeuté jsou schopni nahmatat tzv. CRI rytmus (rytmus pulzace mozkomíšního moku), který je pro tuto práci stěžejní. Skrze něj mohou zaznamenat různá omezení zdravého proudění v těle.

Použitím tohoto CRI rytmu jakožto průvodce, spolu s vrozenými léčivými mechanismy v těle, jsou terapeuté schopni tato omezení opravit.

Kraniosakrální terapie, jak je praktikována dnes, nabyla svou podobu na počátku 80. let. Nicméně její kořeny sahají do počátku roku 1900 a navazují na teorie osteopatického lékaře Dr. Williama Garnera Sutherlanda.  Ten přes 20 let zkoumal a pracoval s konceptem, že kosti  lebky jsou od přirody navrženy tak, aby se hýbaly. Na základě tohoto konceptu nakonec vyvinul zcela novou terepeutickou metodu tzv. kraniální osteopatii („cranium“ – lat.lebka, osteopatie – nemoc kostí, z lat. slov„osteon“ – kost a „patheia“ - nemoc, utrpení).

Bylo to v roce 1970, během operace krku, při které osteopatický lékař John E. Upledger asistoval a kdy poprvé zpozoroval rytmický pohyb na míšní membráně. Ten nebyl identický s rytmem dechu ani tepu. Nikdo z jeho kolegů lékařů ani žádné lékařské texty té doby, tento jev nedokázali vysvětlit.

  V roce 1975 John E. Upledger zvedl pomyslnou rukavici a pustil se do vědeckého bádání, aby potvrdil Sutherlandovy teorie a zároveň zdokonalil  chápání procesů  v kraniosakrálním systému. Následujících sedm let vedl tým anatomů, fyziologů, biofyziků a bioinženýrů na  Michigan State University v oblasti výzkumu a testování kraniosakrální systému a způsoby jeho terapeutického využití. Metodu, kterou na základě výzkumu vyvinul, později sám John Upledger nazval kraniosakrální terapie (anglicky Craniosacral Therapy, zkráceně CST, z lat. „cranium“-  lebka a „sacrum“ – kost křížová ).

Upledgerův tým zvolil jiný přístup než osteopaté před nimi. Místo toho, aby se soustředili na kosti lebky, zajímaly se o tekutiny a membrány systému, jakož i mechanismus, jakým se pohybuje mozkomíšní mok uvnitř lebky a páteřního kanálu. To je jeden z hlavních faktorů, které odlišují CST od kraniální osteopatie. Výzkum ukázal, že mozkomíšní mok cirkuluje skrze mozek a míchu prostřednictvím expanzivních  a smršťujících pohybů v polouzavřeném hydraulickém kraniosakrálním systému. Tento pohyb zopakuje za normálních okolností šest až 12 cyklů za minutu - toto nazýváme kraniosakrální rytmus (CRI). Když je nějaké stažení v měkkých tkáních, membránách, v lebce a míše, cyklická dynamika tekutin kraniosakrálního systému nemůže proudit bez omezení. Lebeční kosti jsou tím pádem také drženy ve vzorcích napětí díky anatomickému propojení membrán a lebky.

Kraniosakrální terapeuté se učí, jak nahmatat jemný kraniosakrální rytmus a odhalit oblasti omezení či stažení v membránách. Zejména se zaměřením na durální membránu nebo vnější membránové vrstvy. Jakmile narazí na konkrétní překážky, drží ruce v dané pozici a čekají, až se tkáně uvolní. Uvolnění docílí použitím velmi jemného tlaku ruky, cca 5 g, což je pro představu váha 5Kč mince. (Tento způsob doteku je dalším rozlišovacím faktorem CST oproti kraniosakrální biodynamice.) Často jen proces vyvažování disbalancí v systému umožňuje tělu se vrátit do rovnováhy. Kraniosakrální terapeuté postupují podle tzv. desetibodového protokolu, který Dr. Upledger vyvinul.

Protokol se skládá z řady technik, které v sobě zahrnují základy kraniosakrální terapie. Každý krok může být použit jak pro zhodnocení zdravotního stavu, tak současně jako nápravný nástroj.

desetibodový protokol se skládá :

1. Indukce bodu klidu
2. Uvolnění příčných fascií: pánevní dno, bránice, horní hrudní apertura, jazylka a atlantooccipitální skloubení
3. Dekomprese lumbosakrálního přechodu, mediální komprese lopat kyčelních a trakce durálního vaku
4. Kolébání a klouzání v rámci durálního vaku či trubice
5. Frontální trakce (mobilizace čelní kostí)
6. Parietální trakce (mobilizace kostí temenních)
7. Dekomprese sphenobazilární synchondrózy (chrupavčité spojení na bazi lební)
8. Temporální techniky (mobilizace spánkových kostí)
9. Komprese a dekomprese temporomandibulárního skloubení
10. Komprese 4. mozkové komory (indukce klidového bodu)